消化機能や免疫機能の重要な働きに関係する善玉腸内細菌は、ビタミンやミネラルの吸収・ホルモンの調整・消化・ビタミン産生・免疫反応や色々な毒素の排除などにも影響を与えます。
科学的にも実証されている「腸管漏洩症候群（リーキーガット症候群）」とよばれる腸管の高度透過性は、非常に多くの人達が悩まされている症候群で、この事は消化器の健全性と脳の健全性が如何に強いかを示すものです。消化機能・気分・健康や思考は、第2の脳である腸の働きと密接に結びついています。
およそ１億個の腸神経細胞が消化管の全長にわたって分布していて、消化活動の調整をしていますがその他にも、脳神経との間で互いに連絡を取り合い腸の働きだけでなく免疫系の働きも調整しています。
腸管全体に筋神経叢および粘膜下神経叢と呼ばれる神経叢（しんけいそう）があり、その中を少数の指令神経と仲介神経が交互に連絡を取り合っているのです。
これ等の神経は、「糖」・「タンパク」・「酸性度」の化学的因子に対してそれぞれの受容体を持っています。
オハイオ州立大学のジャキー・ウッド博士によると、頭蓋脳からストレス信号によって、胃と食道間の神経の働きが変化し「胸やけ」が起きるのだそうです。
非常に強いストレスが掛かると、肥満細胞は、ヒスタミン・プロスタグランディンやその他炎症を生じる物質を分泌しますが、この反応は腸を守る為に起きるのでしょう。